La Junta Rectora es el órgano soberano del Consorcio que tiene entre sus funciones ejercer las potestades públicas que legalmente le correspondan atribuidas por delegación de competencias de las diferentes Administraciones que conforman este Consorcio, aprobar las normas de administración y dirección del Consorcio, la incorporación de los miembros adheridos y entidades colaboradoras, aprobar anualmente la memoria de actividades, los presupuestos y la cuenta general del Consorcio, entre otras funciones.

Este órgano de gobierno se reunirá en Junta Rectora al menos, una vez cada trimestre y sus sesiones podrán ser presenciales o por videoconferencia.